Hoewel de combinatie van water en magnetisme veel voordelen biedt, brengt het ook enkele nadelen met zich mee. Een van de belangrijkste punten is het gewicht en het ruimtegebruik. Door de watertank en het stevige frame neemt de machine meer ruimte in beslag en is hij zwaarder dan puur magnetische modellen. Dat maakt verplaatsen of opbergen lastiger, zeker in kleinere woonomgevingen. Hoewel sommige systemen inklapbaar zijn, vergt het alsnog planning qua opslagplek.
Een ander aandachtspunt is het geluidskarakter: de machine is hoorbaar tijdens intensieve sessies. Het geluid is minder luid dan een luchtweerstandmodel, maar duidelijk aanwezig door het klotsen van water. Als je in een appartement woont of vroeg in de ochtend wilt trainen, kan dit storend zijn voor anderen. Daarnaast vereist het waterreservoir enig onderhoud; je moet het water af en toe verversen en controleren op lekkages of kalkaanslag, wat extra zorg betekent ten opzichte van volledig magnetische systemen.
Verder is de nauwkeurigheid van weerstandsaanduiding afhankelijk van de instelling en het gebruikte meetsysteem. Omdat de echte weerstand deels afhankelijk is van hoe hard je trekt en in welke mate de waterverzadiging is, kunnen getallen op een console minder direct overeenkomen met gevoel. Voor gebruikers die strikt op wattage of precieze meetwaarden trainen, kan dit onhandig zijn. Ten slotte kan de montage en het initialiseren van de waterstand wat tijd en twee personen vergen, wat bij aflevering extra werk betekent.